Valkyria Chronicles 4 äger rum under samma tidsram som det ursprungliga Valkyria Chronicles, men fokuserar på federationens Squad E. Befälhavaren Claude Wallace och hans barndomsvänner bestämde sig för att kämpa för frihet i detta desperata krig, men benkylande snöstormar, vågor av kejsarsoldater och Valkyrias gudomliga krafter står mellan dem och seger.