Spelet tar vid där filmen Star Wars: Episod II slutar, och det är nu ditt uppdrag att leda Republikens arme genom det episka klonkrigets största strider. Som Anakin Skywalker, Mace Windu, eller Obi-Wan Kenobi får du utkämpa så väl intensiva närstrider som enorma fältslag. Star Wars: Clone Wars ger dessutom stort utrymme åt spelsätt för flera deltagare.