Det japanska ordet bonsai betyder planterad i en kruka.
En bonsai är ett levande konstverk, en perfekt miniatyrväxt.

I Bonsai-spelet blir spelarna bonsai-mästare och odlar sina egna bonsai. Den bästa bonsaimästaren väljs ut och ställs ut i det kejserliga palatsets yttre trädgård.

När det är din tur väljer du en av två handlingar: meditera eller odla.
När du mediterar väljer du ett av korten som läggs ut med framsidan uppåt på spelplanen och tar det, samt bonsai-brickan som visas under det dragna kortet.
När du odlar kan du placera brickorna på din egen bonsai i ditt personliga förvaringsområde. Du får placera så många brickor som det finns karaktärer representerade på din Seiko-bricka och på ditt odlingskort. Du får placera en bricka av lämplig typ på varje symbol.

Under en tur, när din bonsai uppfyller eller överträffar kraven för en målbricka i mitten av bordet (dvs. målbrickan har ännu inte ockuperats av någon spelare), bestämmer du om du ska ockupera den brickan omedelbart eller kasta den för att försöka nå en svårare målbricka. Du måste göra det.

Spelet är slut när den sista brickan i leken avslöjas. Varje bricka i din bonsai är värd ett visst antal poäng.

I solo-spelet kan du prova ytterligare scenarier som ändrar några av reglerna och målen, och i slutändan strävar du efter att vinna Emperors Challenge.