Det här århundradets största äventyr börjar i Ordon. I den här lilla byn träffar vi på Link för första gången, en just då helt vanlig farmarpojke som inte har mycket mer spännande sysslor för sig än att valla får. Fast detta kommer väldigt snart att ändras, då skuggvarelser från "twilight realm" dyker upp och förstör byn och tar några av byborna tillfånga.

Efter en stund in i äventyret har Links förvandlats till en varg och blir inlåst i en cell i en mörk version av Hyrule Castle. Det är där som Link träffar på den mystiska varelsen Midna, som leder honom till "The Twilight Princess". Då får Link veta att det är han som måste mota bort skuggorna som vilar över kungariket och rädda byborna från varelserna.